Związana jest z uznawaniem innych przekonań religijnych niż nasze. Brak takiej tolerancji jest określany jako dyskryminacja religijna. W czasach współczesnych religia nie jest sprawą najważniejszej rangi, ale wcześniej stawała się sprawą wagi państwowej. Różnice w sprawach wiary stawały się przyczyną różnych konfliktów, prześladowań, a nawet wojen religijnych. W starożytności uznawano boskie pochodzenie władzy, a jakikolwiek inny stosunek do zasad wiary był odbierany za podważanie autorytetu władcy. Nawet filozofowie starożytni, a wśród nich i Platon, uważali ateizm za przestępstwo wobec istniejącego ładu społecznego. W średniowieczu nietolerancja wobec innych przekonań niż katolickie przybrała szczególny rozmiar. Osoby mające inne poglądy niż Kościół były nazywane heretykami, a ich poglądy oceniano jako herezje. W sprawach odstępstw od wiary stosowano specjalny sposób postępowania. Powołano tzw. „Świętą Inkwizycję”, której celem było ściganie i niszczenie wszelkich odstępstw od zasad uznanych przez kościół.

 Na czele stał Święty Inkwizytor , który decydował o winie i karze osoby posądzonej o odstępstwa. Przy okazji takiej działalności zwalczano wszystkie przejawy postępowego myślenia, zniszczono wiele ksiąg i dokumentów związanych z rozwojem kulturalnym i naukowym czasów wcześniejszych. Kary zasądzone przez Inkwizycję były różne, zdarzały się często kary śmierci przez spalenie na stosie. Wydanie wyroku poprzedzone było przesłuchaniem, przeważnie podejrzanego poddawano torturom, w wyniku których przyznawał się do wszelkich zarzutów.